Gib den Spinat in eine Schüssel und lass ihn bei Zimmertemperatur auftauen. Gieße die Sahne hinzu und püriere beides cremig. Schmecke die Mischung mit Salz, Pfeffer und Muskatnuss ab.
Heize den Backofen auf 180 °C Umluft vor.
Schäle, während der Spinat auftaut, den Knoblauch und die Zwiebeln. Hacke den Knoblauch fein und schneide die Zwiebeln in feine Streifen.
Erhitze das Öl in einer Pfanne und brate Zwiebeln und Knoblauch glasig an.
Fette eine Auflaufform mit etwas Butter ein. Fülle nun die Hälfte der Spätzle hinein. Verteile den Knoblauch und die Zwiebeln auf ihnen. Bedecke sie mit der Hälfte des Käses. Schichte dann die restlichen Spätzle darauf. Gieße die Spinat-Sahne-Mischung in die Auflaufform und verteile den restlichen Käse darüber.
Backe den Auflauf etwa 20 Minuten im vorgeheizten Ofen, bis der Käse goldbraun geschmolzen ist. Verteile etwa 5 Minuten vor Ende der Backzeit die Röstzwiebeln auf dem Auflauf.