Wasche die Auberginen ab. Entferne den Strunk und halbiere sie längs. Heize den Backofen auf 200 °C Ober-/Unterhitze vor.
Pinsel die Auberginen rundherum mit Olivenöl ein. Lege sie mit der Schnittfläche nach unten auf ein Backpapier ausgelegtes Gitterrost und backe sie für 15 Minuten auf der mittleren Schiene.
Bereite währenddessen die Füllung vor. Schäle die Zwiebeln und die Knoblauchzehen. Schneide beides in feine Würfel.
Erhitze etwas Öl in einer Pfanne und brate die Zwiebeln darin glasig an. Gib am Ende den Knoblauch dazu und brate ihn 3-5 Minuten mit an.
Gib die Linsen, stückigen Tomaten, Tomatenmark und Gemüsebrühe dazu. Lass die Mischung etwa 25 Minuten eindicken, bis die Linsen gar sind.
Füge, sobald die Soße sämig ist, das Baharat dazu und schmecke es mit Salz und Pfeffer ab. Rühre das Chilipulver dazu und nimm die Linsenbolognese vom Herd.
Hole die Auberginen aus dem Ofen und drehe sie um. Drücke das Fruchtfleisch vorsichtig mit einer Gabel ein, sodass Platz für die Füllung ist.
Verteile die Linsenbolognese gleichmäßig in den Auberginen und streue den Käse gleichmäßig darüber. Backe sie erneut für 20-25 Minuten, bis der Käse goldbraun ist.